Das hatte ich bei meinen früherer Versuchen auch - es liegt an der von Ubuntu mitgelieferten, veralteten wine-Version (bei mir war es 1.6.XX). Versuchs mit "Play on Linux", da bekommt man die neueren wine-Versionen und kann auch beim installierten Programm die wine-Version wechseln.
Skripte habe ich inzwischen versucht, zuerst mit wenig Erfolg. Es funktionierte eigentlich nur das mitgelieferte "Kompressionsfaktor ermitteln". Dann bin ich auf die Idee gekommen, den Internet-Explorer 8 als Komponente nachzuladen, weil diese Scripte ja JavaScript verwenden und der IE das ja auch dabei hat. Ein Problem mit der Bedienungsanleitung (das rechte Fenster wurde nur unvollständig dargestellt) ist mit dem IE 8 sofort verschwunden. Nun laufen auch tatsächlich einige Skripte mehr, z.B. das Exif-Automatisch drehen", das ich nachinstalliert habe. Andere, wie z.B. "Masterframe De Luxe" brechen mit einer Javaskript -Fehlermeldung ab.